Privolom kraljice Elizabete uskratiše Virovitičani 1280. biskupu zagrebačkom podavanje crkvene desetine. Biskup Timotej požalio se papinskom legatu Filipu, koji je Jakovu prepoštu kaptola u Čazmi naložio da protiv građana Virovitice povede crkveni postupak radi uskrate desetine. Papin legat Filip iz Budima 27. rujna 1280. naložio je gvardijanu franjevačkog samostana u Virovitici, neka suce i stanovnike virovitičke pritjera na plaćanje desetine biskupu Timoteju. Iz ove isprave doznajemo da je u Virovitici već 1280. postojao franjevački samostan, koji je vjerojatno podigla kraljica Marija. Nakon što je prepošt kaptola čazmanskoga pozvao Virovitičane, da se pokore odredbi papinog legata Filipa, pa da zagrebačkom biskupu Timoteju plate dužnu desetinu, a oni se na ovaj poziv oglušiše, poslužio se prepošt Jakov crkvenom kaznom. On je navedenog datuma u čazmanskoj crkvi poslije evanđelja svečanim načinom proglasio, da iz katoličke crkve izopćuje virovitičkoga načelnika i njegova 24 prisežnika. To je izopćenje proglašeno po cijeloj županiji virovitičkoj. Podjedno je prepošt Jakov o tome 9. studenoga 1280. pismeno izvijestio papinoga legata Filipa. Radi toga ustadoše protiv biskupa Timoteja velikaši i plemići u sjevernoj Hrvatskoj. Najviše su nasilja počinili Gisingovci, koji su uništili imanja biskupa zagrebačkog, napose Vašku na Dravi, koju je prisvojila kraljica Elizabeta.. Biskup se Timotej poslužio crkvenom kaznom, izopćio je sanskoga župana Ivana, te slavonskoga bana Nikolu i župana Henrika, sinove pokojnoga bana Henrika Gisinga. Te svi koji su počinili nasilja na posjedima zagrebačke biskupije, te koji su uskratili plaćanje desetine biskupu. Biskup je izopćenje i interdikt (uskrata crkvenih sakramenata) dao proglasiti 12. travnja 1281. u Virovitici u franjevačkoj crkvi, koja je podignuta na čast Bl. Djevice Marije (in ecclesia fratrum minorum, quae in honorem beatae virginis Mariae est constructa). u ispravi se kaže da su izopćenje i interdikt proglašeni "pulsatis campanis, candelis accensis et extinctis" t.j. uz zvonjavu zvona zapališe svijeće, koje su ugasnute, kad je proglašenje bilo izvršeno. Sukobi oko plaćanja crkvene desetine potrajali su 4 godine. Do željenog mira došlo je 18. studenoga 1283.. Toga je dana Kraljica Elizabeta u Virovitici izdala povelju, kojom zagrebačkoj biskupiji vraća zanijekanu desetinu u Virovitici i u cijeloj virovitičkoj županiji. Uz obećanje da više neće sebi prisvajati pravo ubiranja iste desetine. Ispravom od 7. lipnja 1284. kralj Ladislav Kumanac odobrava što je njegova majka Elizabeta zagrebačkoj biskupiji vratila desetinu koja se ubire u Virovitici, Lipovi i cijeloj županiji virovitičkoj.
 

Virovitička gradska općina nakon tužbe na rad učitelja Josipa Drmečića potpisuje novi ugovor s franjevcima "poradi škole i fundamenta diačkoga jezika profesora, kano za utverditi školu narodnu". Tako osnovnu školu u gradu ponovo vode franjevci, a općina se obavezala za "profesora" samostanu plačati 200 forinti godišnje, davati 6 hvati drva i dvije mjere žita. Osim toga općina je obećala sav školski pribor držati u redu i redovito ga nabavljati.
 

Skupština Virovitičke županije donijela je odluku da se u Virovitici izgradi "županijska kuća" (domus cimitatensis), prikladna za održavanje sjednica i osigurana za čuvanje arhiva. Zgrada je izgrađena, ali je sjedište županije postao i ostao Osijek. pa je županijska kuća u Virovitici služila kao sjedište kotarskog plemićkog suca (domus districtualis). Od 1810. do 1813. izvršena je temeljita obnova ove zgrade. Virovitičani su je zvali "stari sud", srušena je 80-tih godina XX. stoljeća, da bi se dobio prostor za gradnju poslovno stambene osmerokatnice.
 

Zagrebački biskup Borković izdaje dokument kojim dopušta franjevcima da obavljaju službu u Virovitici, ne samo za vojnike (Virovitica je 15. srpnja 1684. oslobođena osmanske vlasti), već na cijelom području Virovitice.